Fakultas Sains dan Teknologi (FST) Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta (UNISA) secara resmi berdiri bersamaan dengan ditetapkannya peralihan dari Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Aisyiyah Yogyakarta menjadi Universitas Aisyiyah Yogyakarta berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor: 109/KPT/I/2016 tanggal 10 Maret 2016 (bertepatan dengan hari Kamis tanggal 1 Djumadil Akhir 1437 H). FST UNISA didirikan untuk memayungi dua program studi baru, yaitu: Program Studi Arsitektur dan Program Studi Bioteknologi. Kemudian Menristek Dikti Pada Tanggal 26 Juli 2017 mengesahkan Prodi Teknologi Informasi dengan SK Nomor: 418/KPT/I2017 yang Telah serahkan oleh Kopertis tangal 7 Agustus 2017 dan dipersilahkan untuk beroperasi atau menerima mahasiswa baru sebagai salah satu prodi terbaru di Fakultas sains dan Teknologi.